از جمله اصلی ترین وظایف اداره پزشکی قانونی می توان به موارد زیر اشاره کرد :
- انجام امور کارشناسی در حوزه معاینات بالینی عمومی و تخصصی
- انجام امور کارشناسی در حوزه متوفیات از جمله کالبد شکافی قانونی ، تعیین علت مرگ ، تشخیص هویت ، تقدم و تاخر فوت و ...
- انجام امور کارشناسی در حوزه امور آزمایشگاهی از جمله سم شناسی ، آسیب شناسی ، سرولوژی و DNA
- تشکیل کمیسیون پزشکی
- انجام امور کارشناسی در زمینه بررسی قصور پزشک ، صدمات جسمانی ، علت فوت و موضوعات روان پزشکی
- ساماندهی اجساد در حوادث و بالایای جمعی
- انجام فعالیت های پژوهشی
- انجام فعالیت های آموزشی داخلی سازمانی و آموزشی دانشجویان پزشکی ، دستیاران پزشکی قانون و سایر رشته های مرتبط .